История проблемы состояла в том, что на многоядерных машинах ( 3 и более) Континент 3.3.15.2 не работает.
Разработчиком подготовлена версия Континент-АП работающая на многоядерных машинах совместно с КриптоПРО 2.0
ftp://ftp.infosec.ru/products/Continent ... 015.06.rar
Проверял на трех-ядерном АМД, действительно работает.